Introduction à Rmarkdown

class: center, middle

.fl.w-40.pa2[
<img src="data:image/png;base64,#www/rmarkdownlogo.png" width="230" />
]

.fl.w-60.pa2[

.f3[Formation publications reproductibles avec] .yellow.f3[RMarkdown]

.yellow.f1[1 - Introduction]
]

.tr[
.f4[Maël THEULIERE - Marouane ZELLOU]
]

---
class: inverse,center, middle

# Déroulé de l'atelier

- .yellow.f2[Markdown] .f2[: un outil de balisage pour écrire des documents]

- .yellow.f2.f2[Rmarkdown]  .f2[: un outil pour mixer du markdown avec du code R]

---
class: inverse,center, middle

# Le problème

---

# Le problème

.pull-left[
Un document word ou writer est un document lourd au format complexe, qui vous demande d'interagir avec une interface dédiée pour la mise en page.

Cette lourdeur entraine : 
- des risques sur la mise en page (empilement de formattage)
- des risques lorsque vous travaillez à plusieurs (je n'ai pas la même mise en page que toi)
- ne permet pas d'historiser proprement ce qu'on fait
]

.pull-right[
.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/writer.png" width="1348" />
]
]
---
class: inverse,center, middle

# La solution

# HTML ?

---

# HTML

.pull-left[
.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/html_rendu.png" width="503" />
]
]

.pull-right[
.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/html_source.png" width="893" />
]
]
---

# HTML

Le document html est complexe, le balisage rend compliqué la lecture du document source.

---
class: inverse,center, middle

# La solution ?

# markdown

---
# markdown

.f2[.b.light-blue[markdown] est un langage de balisage 
- .b.light-blue[éditable] en fichier texte
- .b.light-blue[compréhensible] par l'être humain 
- permettant la mise en page .b.light-blue[rapide] du texte
]
---
# Exemple
.pull-left[
```md
# qui suis je ?

Je suis un document writer avec du **gras**.

J’aime aussi les listes :

- avec
- beaucoup
- d'items
```
]
.pull-right[
# qui suis je ?

Je suis un document writer avec du **gras**.

J’aime aussi les listes :

- avec
- beaucoup
- d'items
]

---
class: inverse,center, middle

# Et bientôt...
--

## Vous saurez faire...

---
class: inverse,center, middle

.pull-left[
# Des rapports
]

.pull-right[
.shadow-3[
<img src="data:image/png;base64,#www/rapport.png" width="1879" />
]
]
---
class: inverse,center, middle

.pull-left[
# Des livres
]

.pull-right[
.shadow-3[
<img src="data:image/png;base64,#www/bookdown.png" width="2059" />
]
]
---
class: inverse,center, middle

.pull-left[
# Des diaporama
]

.pull-right[
.shadow-3[
<img src="data:image/png;base64,#www/diapo.png" width="1484" />
]
]
---
class: inverse,center, middle

.pull-left[
# Des sites web
]

.pull-right[
.shadow-3[
<img src="data:image/png;base64,#www/website.png" width="1508" />
]
]
---
class: inverse,center, middle

## Juste

## avec

## markdown

---
class: inverse, center, middle

## Les bases du markdown
---
# Formater du texte

.pull-left[
```md
de *l'italique*

du **gras**

de ***l'italique gras***
```

]

.pull-right[
de *l'italique*

du **gras**

de ***l'italique gras***
]
---
# Mettre des titres

.pull-left[
```md
# un titre 1

## un titre 2

### un titre 3
```

]

.pull-right[
# un titre 1

## un titre 2

### un titre 3
]
---
# Des listes non numérotées

.pull-left[
```md
Une liste avec :

- un item
- un autre item
- un dernier item
```

]

.pull-right[

Une liste avec :

- un item
- un autre item
- un dernier item

]
---
class: inverse, center, middle
# A vous de jouer 🖊
---
# A vous de jouer 🖊

.pull-left[
- ### Ouvrir Rstudio
- ### Créer un ficher markdown
- ### Créer un texte avec un titre, un paragraphe, une liste d'item
- ### Appuyer sur `preview`
]
.pull-right[
<img src="data:image/png;base64,#www/exo_md.png" width="402" />

]
---
class: inverse, center, middle

# Aller plus loin sur le formatage markdown

---
# Des listes numérotées

.pull-left[
```md
Une liste avec :

1.  un item
2. un autre item
3. un dernier item
```

]

.pull-right[

Une liste avec :

1.  un item
2. un autre item
3. un dernier item

]
---
# Des listes imbriquées

.pull-left[
```md
Une liste avec :

1.  un item
2. un autre item
  - avec un sous item
  - et un autre sous item
3. un dernier item
```

]

.pull-right[

Une liste avec :

1.  un item
2. un autre item
  - avec un sous item
  - et un autre sous item
3. un dernier item

]
---
# Des liens hypertexte

.pull-left[

```md
[Ceci](https://fr.wikipedia.org/) 
est un lien vers wikipedia.
```
]

.pull-right[
[Ceci](https://fr.wikipedia.org/) 
est un lien vers wikipedia.
]
---
# Des images

.pull-left[
```md
![](https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/73/Lion_waiting_in_Namibia.jpg)

```
]

.pull-right[
.shadow-1[
![](data:image/png;base64,#https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/7/73/Lion_waiting_in_Namibia.jpg)
]
]
.tr.f6[
Crédits : [Kevin Pluck](https://www.flickr.com/photos/27109510@N00), [Creative Commons](https://en.wikipedia.org/wiki/fr:Creative_Commons) [Attribution 2.0 Générique](https://creativecommons.org/licenses/by/2.0/deed.fr)
]
---
class: inverse, center, middle
# A vous de jouer 🖊 
---
# A vous de jouer 🖊

- ### Reprendre votre texte précédent
- ### Rajouter une image en dessous du titre principal
- ### Rajouter à la fin un lien en savoir plus vers le site de votre choix.

---
class: inverse, center, middle
## Comment utiliser markdown avec R ?

## Rmarkdown

---

## Rmarkdown

- Ecrire du texte en .b.green[markdown]
- Intégrer des tableaux et dataviz fait en .b.green[R]
- Pour produire toute sorte de .b.green[documents] :

- diaporama
  - publications
  - sites web

.fl.w-40.pa2.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/rmakdown_code.png" width="1267" />
]
.fl.w-10.pa2.f2.tc.b.green[
<br>
<br>
=>
]
.fl.w-40.pa2.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/rmakdown_render.png" width="819" />
]
---

## Decripter un fichier Rmarkdown
.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/comprendre_rmd.png" width="2041" />
]
---

## Decripter un fichier Rmarkdown
.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/comprendre_rmd_code_R.png" width="2041" />
]
---

## Decripter un fichier Rmarkdown
.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/comprendre_rmd_code_R_md.png" width="2041" />
]
---

## Decripter un fichier Rmarkdown
.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/comprendre_rmd_code_R_md_yaml.png" width="2041" />
]
---

## Decripter un fichier Rmarkdown
.shadow-1[
<img src="data:image/png;base64,#www/comprendre_rmd_code_R_md_yaml_knit.png" width="2041" />
]
---